Управление Гимназией осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.
Высшим органом управления Гимназией является ее Учредитель – Религиозная организация «Спасо-Преображенский мужской монастырь города Мурома Владимирской области Муромской епархии Русской Православной церкви (Московский патриархат)».
Отношения между Учредителем и Гимназией определяются также договором, заключенным между ними в соответствии с действующим законодательством.
Единоличным исполнительным органом Гимназии является директор. Директор осуществляет текущее руководство деятельностью Гимназии, подотчетен Учредителю. Директор назначается решением Учредителя на неопределенный срок.
В Гимназии формируются коллегиальные органы управления, к которым относятся общее собрание работников, педагогический совет.
В целях учета мнения обучающихся, родителей (законных представителей) несовершеннолетних обучающихся по вопросам управления Гимназией и при принятии Гимназией локальных нормативных актов, затрагивающих их права и законные интересы, по инициативе обучающихся, родителей (законных представителей) несовершеннолетних обучающихся Гимназии создаются советы обучающихся, советы родителей (законных представителей) несовершеннолетних обучающихся.
В Гимназии может быть создан попечительский совет.
